新手训练家小智只带着从大木博士那里获得的勉勉强强又喜怒无常的皮卡丘，离开家乡真新镇，在关都地方展开他的旅程。赢得皮卡丘的信任后，小智认真地开展他的旅程来挑战各地的道馆，参加神奇宝贝联盟。加入小智一行人的是两位良师益友——小刚和小霞。参赛石英大会之后，小智受大木博士之托启程前往橘子群岛，从内木博士处取得GS球。旅途中小智参赛橘子联盟，还遇到神奇宝贝观察家小建。回到真新镇后，小智再次参加了神奇宝贝联盟——城都联盟的白银大会。