五年的追逐化为泡影，随着X档案的关闭，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）和丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）被迫调任处理一些平常的案件。某天，美国得州达拉斯市发生一起爆炸案。虽然穆德和斯科莉极力疏散写字楼内的人群，但爆炸还是夺取了4名无辜者的性命，他们也因此受到上级的指摘。然而事后不久，穆德便得知4名牺牲者早在爆炸之前便已死亡，所谓爆炸案不过是某个神秘部门为了掩盖证据而实施的骗局。该部门据说多年来一直从事外星人的研究，并且他们的研究足以导致人类的
正驻扎于伦敦的马戏团内，生活着自幼驼背的青年（丹尼尔·雷德克里夫 Daniel Radcliffe 饰）。他的丑样子只能供人家取乐，而青年独独热爱医学，尤其擅长解剖学。在某次演出事故中，青年用自己的学识救下了摔成骨折，命悬一线的女演员罗蕾莱（杰西卡·布朗·芬德利 Jessica Brown Findlay 饰）。他的学问得到疯狂科学家维克多·弗兰肯斯坦（詹姆斯·麦卡沃伊 James McAvoy 饰）的赏识，于是后者想方设法将其劫了出来，还为其起名伊戈尔。在此之前，弗兰肯斯坦曾经做出盗取动物园死亡动物尸体
拉萨雷校长面对警察工作难以及时到位的现状，再出奇思异想，推出“全民警察”计划，由警校负责培训社会志愿者，以加强警民联系。于是，马哈尼（斯蒂夫•古根伯格 Steve Guttenberg 饰）、高塔等六人组以及卡拉汉教官再次受命返回学校。与此同时，昔日的教官哈里上尉担心志愿者会影响警察们的工作，对拉萨雷的计划唱起了反调。警察学校迅速开展志愿者征集，引发哈里粗暴执法的滑板少年等人纷纷加入，全民警察计划正式启动，然而拉萨雷因为要参加国际警察会议，学校由哈里暂时接管。持反对态度的哈里自然不会给马哈尼等教官和志愿者
